نخستین جشنواره فیلم فجر در بهمنماه سال 1361 در تهران به دبیری حسین وخشوری کار خود را آغاز کرد. زمانی که مقارن با حضور رزمندگان کشورمان در جبهههای جنگ بود و شور حال بسیار ویژهای در کشور به وجود آورد بود. شورحالی که میتوان آنها را در فیلمهای تولید آن زمان هم مشاهده کرد. مجری برگزاری نخستین جشنواره فیلم بنیاد سینمایی فارابی بود و وزارت ارشاد تنها به صورت ناظر همراه این جشنواره بود.
اولین جشنواره فیلم فجر در سه بخش مسابقه آماتور، بخش فیلمهای حرفهای و بخش جنبی برگزار شد و آثار آن به شرح زیر بود:
بخش مسابقه آماتور
- بچههای دیار صفا
- علمدار
- خرمشهر61
- باهم برای ایثار
- یا زهرا(س)
- کدام مکتب است این
- خرمشهر شهر عشق شهر خون
- آمریکا نابود است
- بربال ملائک
بخش فیلمهای حرفهای
- «ابراهیم در گلستان» به کارگردانی ایرج امامی
- «دادا» به کارگردانی ایرج قادری
- «سفیر» به کارگردانی فریبرز صالح
- «مرگ یزدگرد» به کارگردانی بهرام بیضایی
- «آفتاب نشینها» به کارگردانی مهدی صباغزاده
- «اشباح» به کارگردانی محمدرضا میرلوحی
- «برنج خونین» به کارگردانی امیرقویدل
- «توجیه» به کارگردانی منوچهر حقانی
- «جاده» به کارگردانی محمدعلی سجادی
- «خط قرمز» به کارگردانی مسعود کیمیایی
- «در محاصره» به کارگردانی اکبر صادقی
- «دست شیطان» به کارگردانی حسین زندباف
- «عصیانگران» به کارگردانی جهانگیر جهانگیری
- «فرمان» به کارگردانی کوپال مشکوت
- «فاصل خون» به کارگردانی حبیب کاووش
- «مرز» به کارگردانی جمشید حیدری
- «از فریاد تا ترور» به کارگردانی منصور تهرانی
- «اعدامی» به کارگردانی محمدباقر خسروی
- «خانه آقای حقدوست» به کارگردانی محمود سمیعی
- «خونبارش» به کارگردانی امیر قویدل
- «دانههای گندم» به کارگردانی حسن رفیعی
- «طلوع انفجار» به کارگردانی پرویز نوری
- «کرکسها میمیرند» به کارگردانی جمشید حیدری
- «موج طوفان» به کارگردانی منوچهر احمدی
- «جنگ اطهر» به کارگردانی محمدعلی نجفی
- و «سقوط 57» به کارگردانی باربد طاهری
بخش جنبی
- چشم انداز سینمای کوبا
- سینمای ایتالیا از نئورئالیسم تا امروز
- سرخ پوستان و سیاه پوستان در سینما
- سینمای کودکان و نوجوانان
- سینمای ایران پس از انقلاب اسلامی
اولین جشنواره فیلم فجر در حالی در 22 بهمن سال 1361 به کار خود پایان داد که هیچ فیلمی در بخش فیلمهای حرفهای جایزهای دریافت نکرد و کمیته گزینش فیلمها علت این موضوع را اینگونه اعلام کرد:«در اولین سال برگزاری جشنواره فیلم فجر نتوانستیم از میان فیلمهای 35 میلیمتری فیلمی را به عنوان الگو انتخاب کنیم، به همین خاطر هیچ فیلمی در بخش فیلمهای حرفهای جایزه دریافت نخواهد کرد».
سیفالله داد، محمد اعتصامی، رضا انصاریان، حمید دهقانپور، محمدعلیان و ناصر عبداللهی از جمله داوران اولین جشنواره فیلم فجر بودند.